Ernest Maragall ha ocupat els càrrecs següents: gerent de l'Institut Cartogràfic de Barcelona (ICB), director general de l'Institut Municipal d'Informàtica ( IMI) de l'Ajuntament de Barcelona, director de l'Àrea d'Informació de Base i Organització, conseller delegat de IMI i conseller delegat de l'ICB.

A la dècada de 1960 va entrar a treballar a l'Ajuntament de Barcelona presidit per l'alcalde franquista José María de Porcioles.

Entre el 1970 i el 1979 va desenvolupar tasques com a analista informàtic de l'Ajuntament de Barcelona i com a economista al Gabinet Tècnic de Projectes de l'Ajuntament de Barcelona.

A la seva vessant política, ha estat regidor ponent de Funció Pública i Qualitat de l'Ajuntament de Barcelona (1995-1997), regidor d'Hisenda i Funció Pública (1997-1999), portaveu del Govern Municipal de l'Ajuntament de Barcelona i regidor de Presidència i Hisenda (1999-2004). Així mateix, també ha estat president de l'Institut Municipal d'Hisenda i vicepresident de l'Institut Municipal d'Educació de l'Ajuntament de Barcelona. Entre el 2001 i el 2003 va ser portaveu del Govern Municipal de l'Ajuntament de Barcelona també.

També ha estat president del Consell del districte de Sant Andreu, vicepresident de la Comissió de Funció Pública de la Federació Espanyola de Municipis i Províncies, vicepresident del Consell d'Administració de Localret, representant de l'Ajuntament a la Federació de Municipis de Catalunya.  Entrada al Govern de la Generalitat. A la legislatura 2003-2006, va ocupar el càrrec de secretari del Govern català.

Va resultar elegit diputat al Parlament de Catalunya per a la XII legislatura per la coalició electoral Esquerra Republicana de Catalunya-Catalunya Sí a les eleccions al Parlament de Catalunya de 2017.

Conseller d'Acció Exterior, Relacions Institucionals i Transparència del Govern de Catalunya, presidit per Quim Torra. Cap de llista d'ERC a les eleccions municipals del 2019 a Barcelona

Cap de llista de la candidatura d'«Esquerra Republicana de Catalunya-Ernest Maragall Alcalde+BCN-Nova-Acord Municipal» a les eleccions municipals del 26 de maig de 2019 a Barcelona, la llista va obtenir en els comicis el nombre més gran de vots entre les diferents candidatures,

El 28 de maig del 2022, Maragall va ser proclamat candidat d'Esquerra Republicana de Catalunya a l'alcaldia de Barcelona per a les eleccions municipals del 28 de maig del 2023. El ja alcaldable republicà va obtenir el 90% de vots de la militància en unes primàries a les que va ser l'únic candidat